由于事出突然，袁世凯等人起初并不知道发生了政变。在接到陈树棠的报告后，袁世凯当即带兵二百人赶赴邮局，但早已空无一人，日本使馆也大门紧锁。

袁世凯带兵沿宫墙巡视，遇到疾行的韩军，问其所往，回答是奉命入宫禁卫。巡视至宫门时，发现宫门已闭。直至拂晓收队，还是不知发生了什么事情。到了次日下午，才探明政变真相，当得知相熟的大臣们都已经遇害身亡时，袁世凯的心情极为沉重。

当时，清国和朝鲜间的公文都要靠北洋的兵船送到天津的北洋衙门，往来一次需要好几天时间。如果按常规请示，重大事变的应对决策必由北京的清廷最高层来拍板，时间的延误也就无可避免，而挽回大局的机会就可能失去了。在这个重要的历史关头，袁世凯表现出了勇于任事、处事果断的心理素质。在开化党公布新政府的成员名单时，驻朝的清军将领们也在磋商对策。吴兆有和张光前两个将领均表示“没有北洋的命令，不敢轻举妄动”。袁世凯强调情况紧急，已不可能待命而行。陈树棠则向众人转达了美、英、德三国使节要求清军暂缓行动的劝告，并表示自己意见相同，认为这样可以避免师出无名，衅自我开。金允植也来函请清军按兵不动，以免伤及被日人挟持的国王。

会商的结果是，清军暂不出动，由陈树棠、吴兆有紧急函告李鸿章朝鲜发生政变，请求增兵并指示应对策略。袁世凯则负责联络争取由他编练的朝鲜新军。当晚，袁世凯向新军发放上等成色的黄金六百两，与左右营指挥官金钟吕、申泰照秘密约定次日入宫，共同护卫国王。

第二天上午，开化派政府发布改革政纲，汉城居民得知政变是开化党勾结日本人所为，一时人心思乱，举国惶恐。幸免于难的守旧派成员纷纷跑到清军大营，“痛哭乞师”，要求出兵勤王，众人仍是犹豫不决。

在两次致函国王，要求晋谒并带兵入卫王宫的请求被拒后，袁世凯认为事态紧急，间不容发，力主入宫戡乱。为了打消众人的疑虑，袁世凯承诺“如果因为挑起争端而获罪，由我一人承当，决不牵连诸位”。

见众人首肯，袁世凯立刻率一营官兵及朝鲜新军左右营赶赴王宫。

一入宫，便遭到守军的猛烈射击。清军果断还击，双方展开了激战，宫内顷刻大乱，闵妃携王子趁乱逃出宫门，投奔清军大营。袁世凯攻至景佑宫，发现国王已被转移，遂与退守楼台的敌军展开新一轮的激战。

袁世凯身先士卒，即使尸体满路也毫无惧色，奋勇当前。正胶着间，守军中数百个之前蒙袁世凯督导训练的士兵临阵倒戈，加入了清军一方，战局立刻急转。

竹添首先动摇，率领日军退回了使馆。朴泳孝等政变骨干亦随之逃跑，一路上受到聚集在宫外的市民的追打，洪英植等人护卫国王出宫赴北庙避难。整个战斗持续了两个小时，清军大获全胜，但遗憾的是仍不见国王的踪迹。

袁世凯重金悬赏打探国王去向，夜间才得知其下落，立刻派兵前去抢夺，洪英植试图阻拦被杀。

次日，国王移居袁世凯所部军营，召集原政府成员金弘集、金允植等，商议善后，组成新政府，并召见各国使节，告知政变平息。竹添因使馆连日遭到愤怒的汉城民众的围攻，惊惧交加下，自焚使馆，逃往仁川的日本领事馆躲避。

甲申政变以清国大胜，日本惨败而告终。袁世凯一战成名，应国王之邀，居于偏殿楼下，朝夕接触会晤，成为清廷在朝鲜的实权人物。

其实，此役双方兵力相差并不悬殊，各有一千余人。而竹添挟制了国王，控制了王宫，作战有险可据，以逸待劳。为何一败涂地？

首先，这与双方领军人物的意志有关。一切战斗都是心战，心理素质的强弱决定了战局的走向。政变一方的核心是日本驻朝公使竹添进一郎，竹添是个狂热的帝国主义分子，到任后积极扶持开化党。清法战争爆发后又怂恿开化党发动政变，建立亲日政权。

政变前夕，竹添曾将政变计划报告给日本政府。同时摆到日本外相陆奥宗光办公桌上的还有一份关于清国将割让台湾给法国的密报。日本政府大为恐慌，认为台湾重于朝鲜，要倾尽全力阻止法国夺台。为了缓解清政府的压力，使其不至于在谈判桌上向法人屈服，日本政府决定禁止竹添发动朝鲜政变。

然而竹添狠就狠在敢于先斩后奏，他不待政府批准，便擅自发动了政变。

反政变一方的核心人物是袁世凯。他为了维护清廷在朝鲜的利益不遗余力，而且勇于担当，坚毅果敢。在政变突发，众人犹豫彷徨之际，袁世凯慨然自任，断然出兵，可以说走的也是一步孤注一掷的险棋。

由此可见，无论是日方还是清方，其军事行动都是未经政府批准的。成功则罢，一旦失败，将会承担严重的责任。因此，这种铤而走险的行为一旦发动，就必须一气呵成干到底。在这场对双方领军人物个人意志的考验中，袁世凯胜，竹添败。

这一战促成了袁世凯的崛起，此后十年，他成为清政府驻朝鲜的头号人物。在李鸿章的遥控下，袁世凯恩威并施，全面控制了朝鲜的内政外交。同时，经此风波，朝鲜加快了改革的步伐，要求独立自主的呼声日渐高涨，对清廷的向心力逐渐减弱，对朝鲜官民而言，历史已经揭开了新的一页。而日本方面，一次小的失败并未阻挡其扩张称霸的野心，日本人痛定思痛、枕戈待旦，十年之后，借朝鲜的另一次内乱——东学党起义，挑起了清日甲午战争。

这一次，清廷一败涂地。