海印寺本身因战争等原因，七次遭受火灾，新罗、高丽时代之建筑遗物悉归乌有，唯收藏大藏经板木之屋舍幸免，实属不可思议。高丽大藏经经板之木取自生长在海岛上的桦木和伏樟木，砍伐后首先在大海中浸泡三年，然后取出排列横置，经三年晾干，再用盐水浸泡，放在阴凉处晾干后，用刨子平整木头，作成版块。

刻经的时候，要沐手焚香，专心诚意，在佛前祈祷：惟愿三宝加被，经文丝毫无差。祈祷毕后，先在木版上用毛笔写上经文，每写一个字，都要虔诚礼拜，再顺序按字迹雕刻经文。整部藏经前后由30多人书写完成，统一用欧阳询书体，精湛美观，如同出自一人之手，而且校订严谨。所以，高丽大藏经在诸部大藏经中属于精湛完美的版本之一。日本制作新修大藏经时，曾把此大藏经作为标准，中国也反而从韩国引进它，英、美、法、德等欧美发达国家也纷纷引进它，对世界佛教研究产生了巨大的影响。

海印寺藏经版殿是保管13世纪制作的八万余张世界性文化遗产高丽大藏经版的宝库，是海印寺现存建筑中最古老的建筑。藏经版殿按南北方向并行排列有正面15间的两座大规模建筑。藏经版殿南面的建筑为修多罗庄，北面的建筑为法宝殿，东面和西面各有一座小规模的东、西寺刊版殿（侧殿）。

该建筑用简洁的方式进行了处理，只具备了作为版殿所需要的功能，而没有进行任何装饰，前后面窗户的位置和大小互不相同。良好的通风、防潮效果、保持室内的合理温度、版架的陈列装置等都非常科学，这一点被认为是大藏经版能够完整地保存到今天的重要原因之一。

藏经版殿的精确的修建年代不详，但据记载，在朝鲜世祖三年（1457年）奉谕旨重新修建了40余间版殿，在成宗十九年（1488年）由学祖大师得到王室支援重新修建了30间大藏经经阁后被命名为普眼堂。光海君14年(1622年)增建了修多罗庄，仁祖2年(1624年)重新修建了法宝殿。

藏经版殿是世界上独一无二的保存大藏经的建筑，海印寺的建筑手法体现出朝鲜初期传统木制建筑式样，不仅其建筑本身很优美，而且建筑内部采用了能自然地进行合理的换气和温湿度调节等功能。