佛坛上，佛像的布局沿袭南北朝至随、唐基本规制（一佛、二弟子、二菩萨、二天王）又略有增加：

释迦像居中，左侧为弟子摩诃迦，右侧为弟子阿难尊者；佛二弟子两侧又各立一尊胁侍菩萨；然后是坐大象的普贤菩萨（佛像左侧）、骑狮子的文殊菩萨（佛像右侧）；接着左右再各有一尊胁侍菩萨；最外则分立着两尊天王像。

在佛坛的中间，佛像前有童子2尊（左右个1）、撩蛮2尊（左右个1，右侧1尊应是被盗了），以及原有的单膝跪于莲座上的供养菩萨2尊（已被盗）。

类似的布局在中国的个大石窟和邻近的大佛光寺都可以看到，而后世的大多数佛寺大殿则是西方三圣摩诃迦叶阿难像。

山门柱础：南禅寺山门的柱础，观其莲瓣的形状，十分像唐代遗物。

西配殿：又称龙王殿，悬山顶建筑，重修于明朝，是寺内第2古老的建筑。其余建筑则是清国之物。

“据《中国文物报》报道，1999年11月24日晚7点左右，三名歹徒闯进南禅寺，将保管人员打伤捆绑起来，割断电话线，砸开佛坛的钢网门锁。大殿里的唐代佛像被当胸挖开，腹内宝物被偷走，文殊菩萨的后背也被掏开，其余几尊塑像同样受到破坏。唐代特有的两尊最美丽的“似宫娃”供养菩萨被锯断劫走，狮童塑像也从脚跟处被掰断劫走。”

另外，南禅寺殿内原来还有石塔一座、石狮及角兽一块，皆为唐代之物，在2011年皆被盗走。

注：本文主要参考风清航的博文，图片来自网络。