义和团运动被某些教会史著作称为“庚子教难”。外国侵略势力及基督教教会在各地义和团运动中受到严重打击。义和团运动虽被镇压，但西方侵略势力却为中国人的打击所震慑。英国外交大臣在伦敦布道会演说时，要求传教士今后去中国，“总以谨慎为主”。英国驻印度总督也说：“按1890年传教的男女共1300人，而华人从教者仅37300人。合一名教士只收30名教徒。以中国户口总计之，万人仅有一名信徒，经营50年而所得止此数，事之无益，从可知矣。”他劝诫英美教会应“慎选教士”，传教士要“自爱以防后患”。在传教士中，也有人对侵略性的传教方法和态度以及充当殖民主义帮凶和工具的角色深为不满。戴德生于1895年投书报社，主张传教士无论在任何情况下，不应向本国政府上诉，以免引起中国人的反感和误会。任何上诉和赔偿的请求，既不合情理，也违反《圣经》的教训。一位美国传教士也曾慨而言之：“况传(教)者，皆系天之所使，不需世人矜恤之也。总之教务一端，不容议在约内，盖立约之事，人事也，行教之事，天事也。”因而，自1900年以后，基督教的传教活动出现了一个新的趋向，主要表现为外国传教士利用清政府的巨额赔款，兴办医院、学校和其他文化慈善机构，以推动传教工作。

教会所办的医院，在1900年以前仅百余处，而且大多为教堂附设的诊疗所。到1920年，新教教会医院增至246所，诊疗所380处。天主教教会医院及养老院也有200多处。教会学校，特别是大学，有较大发展。1900年以前，教会学校有1100余所，90%为小学，10%为中学，没有大学，只在一些中学里设有大学班。1900年建立的苏州东吴大学，是我国历史上第一所西式大学。此后20年，新教建有上海圣约翰大学、杭州之江大学、成都华西协合大学、武昌华中大学、南京金陵大学、福州华南女子文理学院、长沙湘雅医专、南京金陵女子文理学院、上海沪江大学、广州岭南大学、福州协和大学、北京燕京大学和济南齐鲁大学。天主教也建有北京辅仁大学、上海震旦大学、天津工商学院等。到1920年，仅新教的各类教育机构就有7382所，其中有大学14所。在校学生共21万多人，其中大学生2000多人。在文化慈善事业的掩护下，基督教的传教活动很快恢复原有的基础，并且开始了持续20多年的全面发展时期。1900年以前，新教教徒主要集中在广东、福建、江苏、浙江等少数省份，而1920年时，已遍布除西藏以外的全国各地。据当时出版的《基督教占领中国》一书统计，在全国所有五万人口以上的城市中，只有18个还没有见到传教士的足迹。分属130个差会的6204名外国传教士，在各地建立1037处传教基地，教堂和礼拜场所超过万座。中国籍牧师从1906年的345人增至1305人，超过了外籍牧师的人数。在教会任职的中国人，也从1906年的9961人增至28396人，为当时外籍传教士人数的四倍多。全国新教教徒剧增，由1900年的八万人增至1920年的36万多人。天主教的发展更为迅速。在反洋教运动和义和团运动中受到沉重打击后，各修会的传教士改变传教方式，一方面利用清朝政府的赔款，以发给银元或提供伙食为饵，招募教徒；另一方面也在一些地区行医兴学，举办慈善事业，以扩大社会影响。1900年，全国天主教徒已有74万，至1920年猛增至200万。相比之下，东正教的发展迟缓。1917年俄国十月革命后，大批东正教徒流入我国，使教徒人数骤增，并相继在哈尔滨、上海、天津、新疆设立主教区，驻北京传教士团更名为中国东正教会北京总会。仅哈尔滨主教区就有信徒30万人，但几乎都是白俄流亡者。抗日战争爆发后，白俄流亡者纷纷离去，信徒急剧下降。

大约同时，一些中国基督教徒为摆脱外国宣教机构的控制，在中国信徒自办教会的基础上，发起中国基督教(新教)自立运动，又称教会自立自传运动。1873年，广东教徒陈梦信在肇庆发起成立粤东广肇华人宣道会，开中国教徒自办教会之先河。该会最初只有两处教堂，至1897年发展到50多处，并已传入东北地区。1903年，上海教徒俞国桢首先反对将“保教一款列入不平等条约”，并依靠中国教徒创办自立长老会堂。1906年，他倡议组织中国耶稣教自立会，主张废除保护教会的不平等条约，号召“有志信徒，图谋自立、自养、自传……绝不受西教会管辖”。同年自立会成立，以爱教爱国、自立自治为宗旨。该会的号召，全国各地多有响应，浙江平阳、镇海，上海罗店，福建莆田，湖南常德，湖北天门，广东南澳，均先后建立自立教会。1910年，徐君汇、张伯苓〔ling伶〕等人联合天津五个教会，成立由各教派信徒联合组成的中国基督教会，完全独立自办。同时，北京也成立了自立的中华基督教会。1912年，青岛教徒刘寿山等倡议成立了山东中华基督教会。“五四运动”爆发后，自立教徒投身运动，要求收回教权，脱离外国差会，成为独立自主的中国教会。此后，自立教会在全国逐年有所增加，1921年增至150处，1924年达到330处。至1927年，自立运动达到高潮，扩展到宁波、长沙、徐州、香港、太原等地，全国各地兴起的自立教会达600多处。大革命失败后，基督教内部的自立力量受到打击，自立运动跌入低谷。1933年，中国耶稣教自立会被迫放弃当初要求独立自主的立场。1935年，自立教会锐减，只剩下200余所，处于自生自灭状态。

与此同时，面临中国日益高涨的民族主义情绪，各国宣教团体转而促进中国基督教的本色教会运动。至20世纪20年代，教会中部分中国人士开始倡导建设本色教会。1922年，中国基督教全国大会在上海举行，会议选举产生以诚静怡为会长的中华全国基督教协进会，并发表宣言：“时期已到，吾中华信徒应用谨慎的研究，放胆的试验，自己删定教会的礼节和仪式，教会的组织和系统，以及教会布道及推行的方法，务求一切都能辅导现在的教会成为中华本色的教会。”本色教会的倡导者一再申明并不排外，对自立运动持一定的批评态度。建设本色教会的目的，“一方面求使中国信徒担负责任，一方面发扬东方固有的文明，使基督教消除洋教的丑号”，从形式上、人事上、思想上逐步实现基督教教会的中国化。在实践中，他们强调培养中国的教会领袖人才，中国教徒应有教会管理和经费使用权，西方传教士退居辅助地位，但仍接受西方差会的财政资助；主张基督教与中国文化相结合，如建造中国殿宇式教堂，采用中国曲调的赞美诗，遵守中国的传统节令，制订适合中国国情的教会礼仪等，并力图用中国传统文化观念来诠释和表达教义。此外，他们还提倡中国文化的宽容精神，促进不同宗派的教会实现大联合。本色教会运动曾得到多数宗派中爱国人士的响应，为消除洋教丑号作过一些尝试。但因经济上仍依赖西方差会，常受反对本色化的外国传教士干扰，所以尽管教会形式上有所改观，但在实质上无法完全摆脱西方差会的控制。1926年后，本色教会运动决定将重点转向农村，即通过乡村建设在全国推广本色教会。终因经费不足，此项计划未能在全国实施。抗日战争爆发后，本色教会运动即陷入停顿。本色教会运动与自立运动不同，主张保持与西方差会的合作，逐步实现基督教与中国传统文化的结合。

中国天主教徒的反帝情绪这时也日趋高涨。1916年，天津的天主教徒起来斗争，反对法国借口保护天主堂把老西开地区划进法租界。1919年，天津、上海等地爱国教徒提出改变中国天主教会殖民地体制的要求，主张由中国主教主持教区教务，反对修会教育中轻视中国文化的现象。1922年，罗马教廷委派意大利籍主教刚恒毅为首任驻华宗座代表，处理中国的教务。1924年，全国主教公会议制定《中国天主教现行法则》，决定设立全国教务委员会，直属驻华宗座代表公署。1927年，教廷首次任命六名中国籍主教。1946年，教廷宣布在中国建立圣统制，全国设137个教区，分属20个总主教区。在高级神职人员中，中国籍总主教三人，主教17人。1947年，天主教教务协进会在上海成立，取代全国教务委员会，美国玛利诺会主教华理柱任秘书长，由梵蒂冈首任驻华公使黎培里领导。

自抗日战争爆发后，由于连年不断的战争影响，基督教的传教活动处于衰退状况。教徒人数虽然仍有所增加，但教会的活动范围却趋于缩小。至1949年，全国天主教徒约328万人，教区140个。新教教徒70多万，分属130多个差会，其中美国的差会约占一半。东正教徒的人数仍在减少。

1949年中华人民共和国成立后，中国的基督教发展进入另一阶段。

圣统制是指天主教以教皇为管理教会元首的正统教政体制。1946年前中国是传教区体制，先是赋予葡萄牙以特权，即葡萄牙的保教权,后委托某些修会代管，即宗座代牧制。1946年由罗马教皇直接设立教区，任命主教，管理传教事务等。