在2011年7月28日出版的英国《自然》杂志上，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所徐星等人向一个半世纪以来，人们对鸟类起源的传统认识发起挑战，宣布“始祖鸟不属于鸟类”。

这项挑战的依据是．发现于我国辽西地区，距今大约1．6亿年前的沉积地层中，产出的一件小型恐龙标本郑氏晓廷龙。郑氏晓廷龙重约800克，是迄今发现的最小的小型兽脚类恐龙之一。它的锥形齿以及长而粗壮的前肢与原始鸟类极为相似，特化的足部具有恐爪龙类所有的特化第二趾，后肢有长长的飞羽，呈现出典型的四翼状态。事实上，郑氏晓廷龙与生存于德国侏罗纪晚期的始祖乌，亲缘关系非常近，这种“近亲关系”为研究始祖鸟提供了新信息。

始祖鸟作为最原始也是最古老的鸟类，一被发现就成了进化论研究的标志性物种。在过去150年中，有关始祖鸟的研究从没间断，有关于始祖鸟的飞行能力、生态行为，甚至一些形态特征一直存在争论，但作为最原始鸟类的地位几乎没有受到质疑，一直处在鸟类起源研究的核心位置。根据来自郑氏晓廷龙的新信息，并结合近年来发现于中国的大量小型兽脚类恐龙和早期鸟类标本上提供的信息，徐星等人重新深入分析了始祖鸟的形态，得出了一些极其重要的结论。

徐星说：“无论是始祖鸟还是郑氏晓廷龙都不属于鸟类，而是原始的恐爪龙类。用通俗的话说，始祖鸟是迅猛龙的祖先，而不是鸟类的祖先。”恐爪龙类是与鸟类亲缘关系很近的恐龙，分布范围很广。

《自然》杂志同期配发了评论文章。在文章中，美国著名学者Witmer博士支持了徐星的结论：“人们之所以把始祖鸟当做鸟，是因为它有羽毛。但是随着越来越多带羽毛的动物被发现，始祖鸟独特的鸟类特征，已经不那么独特。”当然，也有学者提出不同的意见，古生物学家Thomas Htoltz就表示：“我不认为这是问题的最终结论，因此，在更多证据出现前，应该对此保持谨慎。”